Vlada Republike Srbije preko Ministarstva odbrane, kome je neposredno potčinjena VOA, ostvaruje nadzor i kontrolu rada Agencije.
Zakonom o Vojnobezbednosnoj i Vojnoobaveštajnoj agenciji uvedena je i institucija Generalnog inspektora čiji je zadatak kontrola zakonitosti rada službi bezbednosti u Ministarstvu odbrane.
