Влада Републике Србије преко Министaрства одбране, коме је непосредно потчињена ВОА, остварује надзор и контролу рада Агенције.
Законом о Војнобезбедносној и Војнообавештајној агенцији уведена је и институција Генералног инспектора чији је задатак контрола законитости рада служби безбедности у Министарству одбране.
