Радом ВОА руководи директор, који је за свој рад одговоран министру одбране.
Директор ВОА има заменика, који је за свој рад одговоран директору.
Директора ВОА и његовог заменика поставља и разрешава председник Републике указом на предлог министра одбране, ако се ради о професионалном војном лицу, односно Влада, на предлог министра одбране, у складу са законом којим се уређује положај државних службеника.
Директор ВОА и његов заменик постављају се на дужност на период од пет година.
Директор ВОА и његов заменик не могу бити чланови политичке странке, нити обављати другу јавну функцију.