Организацијски део ВОА надлежан за унутрашњу контролу обавља послове који се односе на: контролу законитости рада и примене овлашћења припадника ВОА, надзор над сврсисходношћу рада, контролу реализације планираних активности, испитивање настанка, узрока и последица ванредних догађаја и сарадњу са државним органима у вези са питањима из делокруга рада.