Radom VOA rukovodi direktor, koji je za svoj rad odgovoran ministru odbrane.
Direktor VOA ima zamenika, koji je za svoj rad odgovoran direktoru.
Direktora VOA i njegovog zamenika postavlja i razrešava predsednik Republike ukazom na predlog ministra odbrane, ako se radi o profesionalnom vojnom licu, odnosno Vlada, na predlog ministra odbrane, u skladu sa zakonom kojim se uređuje položaj državnih službenika.
Direktor VOA i njegov zamenik postavljaju se na dužnost na period od pet godina.
Direktor VOA i njegov zamenik ne mogu biti članovi političke stranke, niti obavljati drugu javnu funkciju.